こんにちは。
まず結論として、立法者の意図は「無駄なことはしない」だと思います。
確認ですが、中段に書いてある文章の意味は「たとえ、最初に審査した時にちょっとマズい点があっても」「もともとの処分（不許可にされた、とか）が真っ当なものであったとしたら」って感じ、で大丈夫でしょうか？
つまり、たとえばある許可申請が認められず（不許可）に不満があって不服申立した時に、最初の判断（処分）に間違いはなかったが、それに対する「審査請求」に違法・不当があった場合、確かに審査はマズかったが、やり直しても元の処理（不許可にした処分）は正しいのだから再審査しても意味がない、というのが６４条３項の意味です。
この条文が活躍するとすれば、「不許可で当然の案件だけれど、審査請求したら役場がウソをついた。それは許せないから、許可を出せ」と、クレーマーのようなことを言い出す人がいた時でしょう。
条文をよく整理して読めば、「最初の処分は妥当」なのに、その後の「審査請求に違法・不当があった」場合の条文であることがわかるでしょう。もちろん、審査請求も正しく行われるべきですが、だからといって「もともとの正しい処分」を変えるわけにはいきませんから「文句言いたいのはわかるけど、無駄なことはやめましょう」ということなんだろうなぁ、と僕は理解しています。
固い言葉で書けばまた別でしょうが、ザックリ理解すれば十分なところだと思いますので、週末らしくゆるく回答しました。参考にしていただければ
KEN!さん
返信ありがとうございます。
解説等参考にさせていただきます。
また、よろしくお願いいたします。